研究表明移动遗传元件可能会无意中抑制细菌免疫系统
细菌限制性修饰系统负责保护细胞免受外来遗传物质(例如噬菌体和质粒)的影响。免疫系统需要严格的调节,因为细菌和人类一样,可能会产生自身免疫反应——攻击它们自己的DNA。
Skoltech元基因组分析实验室负责人ArtemIsaev领导的一个研究小组研究了最早发现的细菌免疫系统之一EcoKI,发现细胞中质粒DNA的存在会导致限制性缓解的激活,内置免疫抑制程序。这种效应被称为质粒诱导的限制性缓解。当具有特殊性质的质粒进入细胞,与细胞内免疫发生冲突时,就会发生这种情况。结果发表在《核酸研究》杂志上。
质粒是一种可移动遗传元件,是细菌之间积极交换的环状DNA分子,从而导致它们在整个群体中快速传播。
“这一发现完全出乎我们的意料。我们研究了一种本应抑制EcoKI系统的蛋白质,但无法解释这些数据。然后我们猜测:质粒DNA本身是否会抑制细菌免疫?事实证明,具有特殊元件(EcoKI识别位点)的质粒的存在将EcoKI核酸酶吸引到质粒DNA上,从而能够降解该蛋白质。
“这个程序需要保护细胞免受细菌染色体上意外核酸酶的攻击,但事实证明,质粒DNA也可以充当‘海绵’,吸引EcoKI核酸酶并将其引导至蛋白水解,从而完全关闭细菌免疫力这对质粒本身也是有害的,因为细胞对噬菌体感染变得敏感,因此我们认为这种冲突是无意发生的,并且只是不同生物机制的复杂性的反映,这些机制有时可能相互干扰。”伊萨耶夫是该项目的负责人。
这些发现有助于更好地了解细菌重组过程,该过程允许单个DNA分子与其在细胞内的副本交换片段。细胞通过同源重组过程修复细菌基因组中的DNA断裂。这个过程还需要一个称为“Chi”位点的特殊序列。如果该位点被去除,双链断裂会导致受损DNA质粒完全降解。
“我们已经确定,为了触发限制性缓解,质粒需要一个Chi位点,即主动重组的能力。然而,在特殊条件下,如果我们去除负责主要重组途径的细胞成分(RecBCD和RecA)蛋白质),我们仍然可以观察到限制的缓解。
主要作者MikhailSkutel和DariaYanovskaya解释说:“这表明细菌细胞中存在隐藏的或替代的重组途径,而这些途径在RecBCD和RecA存在的情况下不会表现出来。我们的新模型系统将有助于探索这些机制。”这项研究的作者是Skoltech生命科学项目的研究生。